Nowoczesne klimatyzatory ścienne posiadają również zaawansowane systemy filtracyjne. Nie zastąpią one oczyszczaczy powietrza, jednak są w stanie zatrzymać niebezpieczne wirusy i nie dopuszczają do rozwoju bakterii, przez które pojawiałby się nieprzyjemny zapach. Lepsze modele są wyposażone w filtry HEPA i/lub systemy jonizacji, dzięki którym powietrze wylotowe jest wolne od niebezpiecznych drobnoustrojów oraz części składowych smogu (PM2.5 i PM10).